工业化、现代化的发展进程中，经济快速发展，引起了一系列的环境问题。土壤重金属污染是其中一个尤为突出的方面，微生物菌剂的使用，不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还能分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质，刺激、调节、促进作物的生长发育，有利于农作物增产。
微生物菌剂本身的功能
1，对植株本身：增强植物生物防控能力，提高抗病（虫）害、抗旱、耐劳、抗寒防冻的能力。大量有益菌分泌植物促生物质和，抑制病原微生物生长，提高对土传病的生物防控作用，提高抗重茬、枯萎、黄萎、根腐、根结线虫等病害的能力，使植物健壮、旺盛。
2，对土壤：改良土壤，增加土壤肥力。通过大量有益微生物活动，促使土壤形成团粒结构，增加通透性，减轻土壤板结；提高保肥、保水能力；增强水、肥、气、热、菌五个肥力因素相互协调。
3，对植物根系：生根，养根、壮根。有益菌分泌物质刺激根系迅速生长，对根系有修复和再生的功能，减少沤根，烂根，促进根系发达，使植株健壮，叶片肥厚，叶色浓绿，花色鲜艳，提高植物成活率。
4，提高肥料利用率：制造和协调农作物吸收营养。微生物菌剂里的有益微生物把土壤中植物不可溶的磷钾钙镁锌等释放游离出来供植物吸收，相当于在植物根系建立了营养库。产生的微量元素刺激根系生长，极大提高了肥料利用率。
5，调节土壤，无公害：降解硝酸盐和农药残留，修复土壤，提高农产品品质。微生物的生命活动降低硝酸盐及农药残留，调节PH值，增加氨基酸、糖分、维生素等含量。
蔬菜上面用微生物菌剂有什么好处
一是使土壤持续“年轻”。
土壤“年轻”可以理解为健康富有活力，不健康的土壤往往表现得死气沉沉，如蚯蚓等有益生物难以得见。从某个方面来说，有益微生物是土壤代谢的动力所在，有机物的分解、矿质元素的转化等都需要微生物的参与。当不合理施肥及土壤养护不当，有益微生物大量降低后，土壤就会出现富营养化、盐渍化、板结等不良状况，土壤的供肥能力大大降低，严重的甚至不能用于栽培蔬菜。
二是预防土传病害侵染。
当有害菌在土壤中大量滋生时，蔬菜栽培时往往出现较为严重的病害，其中土传病害是威胁蔬菜生长的更大因素，严重的土传病害会导致蔬菜绝产绝收。在自然条件下，抑制土壤有害菌依靠的是有益菌对其产生的抵抗。也就是说当土壤中的有益菌占上风时，土传病害就会减少。有的菜农会利用化学成分的土壤处理剂肃清土壤，既杀死了有害菌但同时也杀死了有益菌，而土壤处理以后及时补充有益菌，扩大有益菌在土壤中的数量，就能够保持土壤处理后的优势，把土传病害控制在不发生或轻微发生的范围内。
三是保护和促生根系。
土壤中有益的微生物不仅是土壤养护的动力，同时其繁殖和代谢能够给蔬菜的根系带来正面的辅助效果。如在根系周围的有益微生物数量大时，有害菌很难接触根系，自然就不能够侵染。有益微生物的代谢物还能够被直接吸收利用，从而直接促进根系生长。
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